Klinik kesehatan yang tersedia di RS St. Borromeus meliputi

Klinik Non Spesialis

• Klinik Umum

• Klinik Tes Alergi

• Klinik Kesejahteraan Keluarga (dahulu BKIA)

• Klinik JPKM (Jaminan Pemeliharaan Kesehatan Masyarakat).

• Klinik Medical Check Up

Klinik Spesialis dan Sub-spesialis

• Klinik Kebidanan & Kandungan (2 Paralel)

• Klinik Gigi & Mulut (3 Paralel)

• Klinik Neurologi (Saraf)

• Klinik Psikologi

• Klinik Psikiatri (Jiwa)

• Klinik Hematologi, Onkologi (Darah, Tumor)

• Klinik Digestif (Bedah Saluran Cerna)

• Klinik Nephrologi (Ginjal)

• Klinik Asma (Paru)

Klinik Spesialis dan Sub-spesialis 

• Klinik Penyakit Anak (3 Paralel)

• Klinik Bedah (2 Paralel)

• Klinik Mata (2 Paralel)

• Klinik Kulit & Kelamin

• Klinik Telinga, Hidung dan Tenggorokan (THT)

• Klinik Gizi

• Klinik Penyakit Dalam (2 Paralel)

• Klinik Jantung

• Klinik Saluran Kencing (Urologi)

• Klinik Bedah Anak

• Klinik Bedah Tulang (Orthopedi)

• Klinik Rheumatologi

• KIinik SaIuran Cerna (Gastroenterologi)

• Klinik Bedah Thorax